Самый простой способ - указать mod_rewrite избегать перезаписи, если файл является реальным файлом:
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f
RewriteRule ^(.*).css style.php?u=$1 [L,QSA]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f
RewriteRule ^(.*).xml rss.php?u=$1 [L,QSA]
Я добавил тег [L]
(конец), потому что после применения правила вам, конечно, не нужно проверять следующее правило.
Теперь, если файлы действительно существуют, но вы действительно хотите обработать их с помощью скрипта php, если в URL нет подкаталога 'css' ... давайте попробуем это:
<Location "/css">
RewriteEngine off
</Location>