Backticks у меня хорошо работает.Не забудьте использовать их только в файле сопоставления, а не в HQL:
<property name="Data1" column="`Data1?`" />
Этот запрос:
session.CreateQuery("select Data1 from Foo").List();
Результаты в этом SQL:
select foo0_.[Data1?] as col_0_0_
from Foo foo0_
Обновление: это ошибка в NHibernate 3.1. Создан выпуск Jira