Первое создание из обеих коллекций файлов md5sum
find CollectionA -type f -print0 | xargs -0 md5sum -b > CollectionA.MD5SUM
find CollectionB -type f -print0 | xargs -0 md5sum -b > CollectionB.MD5SUM
После этого вы найдете все пропущенные файлы в CollectionB
(while read MD5SUM FILENAME; do grep -qis $MD5SUM CollectionB.MD5SUM || echo $FILENAME does not exist in CollectionB; done)<CollectionA.MD5SUM
Более удобный
(while read MD5SUM FILENAME; do grep -qis $MD5SUM CollectionB.MD5SUM || echo ${FILENAME#\*} does not exist in CollectionB; done)<CollectionA.MD5SUM
чтобы убрать * из начала имени файла.
Вы должны знать, что это решение довольно медленное.