Кажется, проблема в том, что вы печатаете то, что возвращает readlink, то есть имя цели. Кроме того, вы печатаете каждый файл в среднем цикле. Значение True для followLinks заставляет вас переходить в каталоги, которые являются символическими ссылками. Наконец, любые символические ссылки на каталоги хранятся в директориях, но не в файлах. Должно работать следующее:
for subdir, dirs, files in os.walk(rootdir, followlinks=False):
for file in files+dirs:
f = os.path.join(subdir,file)
if os.path.islink(file):
countlink = countlink+1
linkto = os.readlink(f)
print("{} -> {}".format(f,linkto))