Извините, я пропустил этот вопрос. Если вы хотите быть уверенным в получении ответа на саксонский вопрос, спросите его в списке рассылки saxon-help или на форуме SourceForge.
Если ваш XPathEvaluator является net.sf.saxon.xpath.XPathEvaluator, то этот метод все еще присутствует в 9.3. Возможно, вы по ошибке создали экземпляр net.sf.saxon.sxpath.XPathEvaluator?
Еще одна путаница заключается в том, что я предполагаю, что domSource является экземпляром DOMSource, но в этом случае я ожидаю, что в результате будут добавлены узлы DOM, а не узлы Saxon TinyTree. Трудность заключается в том, что вы не показали достаточно своего кода.
Если вы хотите получить лучшие результаты от процессора Sathon XPath, я бы рекомендовал использовать интерфейс s9api, а не интерфейс JAXP, который ужасно сфокусирован на DOM и XPath 1.0.