Вы можете поместить все экземпляры в список и удалить их после.Что-то вроде:
function Create()
{
List<GameObject> mylist;
for (float y = 0; y < 80; y++)
for (float x = 0; x < 80; x++) {
if (x == y) {
mylist.push((GameObject) Instantiate(...), Quaternion.identity));
}
}
}
И чтобы удалить, вы делаете что-то вроде
foreach object in mylist
{
Destroy(object);
}
Извините за код C #, но я пользователь ac #.