Вы используете действительно старую версию?Текущая версия 1.8.6, но версия, подобная 1.6.17, также будет относительно актуальной.Я помню эту проблему еще в 2005 году, но она была исправлена.Тем не менее, я также вспоминаю, что проблема с пустым диалогом ошибок была связана с Eclipse всякий раз, когда происходило исключение внутри процесса сравнения.Поэтому, скорее всего, мы отследили исключения и исправили их.Я представляю, если есть какой-то новый способ получить исключение, которое может вызвать такое же поведение.
Я бы начал с того, чтобы убедиться, что вы в курсе.