В FreeBSD libreadline является частью базовой системы (если вы не перестроили ее без GNU). Python загружает это динамически;
ldd /usr/local/lib/python2.7/lib-dynload/readline.so
/usr/local/lib/python2.7/lib-dynload/readline.so:
libreadline.so.8 => /lib/libreadline.so.8 (0x801206000)
libthr.so.3 => /lib/libthr.so.3 (0x801445000)
libc.so.7 => /lib/libc.so.7 (0x80084a000)
libncurses.so.8 => /lib/libncurses.so.8 (0x801668000)
Нет опции конфигурации для удаления его из сборки Python.