Вы не можете вызвать ffmpeg из javascript / JQuery, так как он запускается на клиентском компьютере, а не на вашем сервере. Данные для видео, встроенные на ваш сайт, никогда не проходят через ваш веб-сервер, они идут прямо с YouTube в веб-браузеры посетителей ваших сайтов.
Чтобы загрузить с YouTube и конвертировать видео, вам нужно будет установить соединение с сервером YouTube самостоятельно (с вашего сервера), загрузить файл (выяснив, какой URL у фактического потока данных) и затем запустите его через ffmpeg. Это нетривиальная задача, если вы никогда ничего не делали на стороне сервера.
Поскольку это может занять много времени и потребовать какой-то задачи фоновой обработки, вы, вероятно, не захотите делать все это в одном запросе веб-страницы. Я хотел бы создать фоновый процесс для загрузки и преобразования файла, а затем предложить URL-адрес для загрузки завершенного файла клиенту.
У вас будут значительные требования к пропускной способности, если подобная услуга станет популярной, поскольку у вас будет пропускная способность для загрузки каждого файла с YouTube и пропускная способность для передачи преобразованных файлов клиенту.
Вам действительно нужно каким-либо образом конвертировать файлы - или вы просто удалили поток данных и сохранили его в виде файла?