Добавьте репозиторий github в качестве удаленного к клону вашего собственного репо:
git remote add other-guys-repo <url to other guys repo>
Получить их изменения:
git fetch other-guys-repo
Оформите ветку, в которую вы хотите объединить:
git checkout my_new_branch
Объедините их изменения (при условии, что они выполнили свою работу в основной ветке):
git merge other-guys-repo/master
Разрешение конфликтов, принятие решений и вуаля.