На самом деле вы можете, но вы должны использовать специальные параметры. Вот пример (перенаправление в файл):
$ mongoexport -q '{ $query: {count: {$gt:0}}, $orderby: {count: -1} }' -d database -c collection > data_dump.json
Часть $ query не является строго необходимой, но я включил ее из-за этой ошибки на GitHub (исправлена сейчас, но только).