FxCop проверяет что написано .Он работает над скомпилированной сборкой.
StyleCop проверяет как написано .Он работает над разобранным исходным файлом, даже не пытаясь скомпилировать его.
Это приводит ко всем различиям.Например, FxCop не может проверить отступы, потому что они отсутствуют в скомпилированной сборке.А StyleCop не может выполнять проверки потока кода, потому что он не знает, как на самом деле выполняется ваш код.