У меня были похожие проблемы с простыми программами, созданными с помощью pygtk.Я считаю, что ситуация такова:
- pygtk работает с gtk2.x
- Unity использует gtk3
- pygtk не работает с gtk3
- python-gobject - это эквивалент gtk3 для pygtk
У вас есть дополнительный уровень сложности, так как вы используете pyGUI.Скорее всего, pyGUI использует pygtk, который не будет работать с GTK3 / Unity.Вы можете либо убедить людей в pyGUI выпустить версию, совместимую с GTK3, либо переписать ваше приложение с нуля, используя python-gobject.