Вы можете периодически проверять, когда появляются эти окна сообщений, и закрывать / уничтожать их, используя WM_CLOSE / DestroyWindow соответственно.
Кроме того, вы можете попробовать SureLock Studio , который обрабатывает эти сообщения и многие другие ситуации для имитации режима киоска.