Javascript не может найти более одного элемента с идентификатором, и он уже исчезает, когда вы захотите запустить его снова.
вы можете изменить идентификатор на класс, а затем найти все .progress, которыеявляется видимым и не анимированным, чтобы начать исчезновение на этом элементе, и когда это будет сделано, вы можете удалить его, чтобы вам не пришлось много .progress
$('body').append('<div class="progress">' + pointsCalculated + ' ' + (pointsCalculated === 1 ? 'point' : 'points') + ' added to current points...</div>');
//Reset calculator after adding to tracker
calcReset();
$(".progress:visible:not(:animated)").fadeOut(2000, function() { $(this).remove(); });
помните в javascript, если вы хотите посмотреть, является ли переменнаязначение, которое вам нужно будет использовать как минимум два "=", иначе вы установите значение этой переменной.