Все соответствующие коммиты все еще будут там.
Когда вы создаете коммит с подмодулем в конкретной версии, единственной информацией, хранящейся в дереве «супермодуля», является имя объекта (т. Е. SHA1sum) коммита, в котором должен находиться подмодуль. Таким образом, удаление ветви после ее слияния с мастером не имеет значения - все ваши старые коммиты в супермодуле будут указывать на имена объектов коммитов, которые все еще находятся в истории мастера в субмодуле.
Если вы удалили ветку, которая не была объединена с какой-либо другой ветвью, то неутвержденные коммиты в этой ветке в конечном итоге будут собраны сборщиком мусора, и это может создать проблему, о которой вы беспокоитесь, но вы явно сказали, что все было объединено перед удалением ветки.