Я не знаю об инструменте (хотя это не значит, что его не существует), однако у нас также были проблемы с наследованием.На вашем базовом сайте установлена другая версия .net framework?также проверьте все перечисленные библиотеки web.config и их версии.Если что-то требует, чтобы сайт работал с более новой версией, скажем, 4.0, это может вызвать проблемы или наоборот.Попробуйте добавить в родительское приложение этот раздел в разделе конфигурации system.web:
</p>
<p><location path="." inheritInChildApplications="false"></p>
<p><system.web>
..
</system.web></p>
<p></location>
, однако обратите внимание, что это повлияет на другие приложения.Если это исправит это, но отрицательно скажется на других ваших приложениях, возможно, вам придется скопировать удаленные настройки родителей в дочерние приложения, которым это необходимо.