Javascript и PHP напрямую не взаимодействуют (применяются исключения, не беспокойтесь о них сейчас: D). Лучший способ реализовать этот тип взаимодействия между этими двумя несопоставимыми языками - это использовать строку запроса или файлы cookie.
Я думаю, что здесь может быть некоторая путаница относительно того, когда и как выполняется PHP, а не когда и как выполняется javascript. Думайте о PHP как о фабрике - товары там производятся физически. Думайте о своем сервере как о загрузочной док-станции, а интернет - о судоходной компании. Ваш браузер - это магазин, HTML - это полки; Javascript - это оформление витрин магазина, в котором продаются товары. Декорации на окна не влияют на производство, фабрика может делать некоторые декорации на окнах, но не использует их, а просто отправляет их вместе с товарами для магазина. PHP это фабрика, javascript это украшение. Есть некоторые проблемы с восприятием этой аналогии в буквальном смысле слова, но в двух словах.
Вы можете сделать переадресацию PHP условной на наличие или отсутствие определенной строковой переменной запроса:
<?php
// redirect if $_GET['no_redirect'] is NOT set. Reverse the true/false to invert this rule
$do_redirect = (isset($_GET['no_redirect']) === false ? true : false);
// perform the redirect, if required
if ($do_redirect === false)
header('Location:http://mydomain.com');
?>
Javascript:
window.location = 'http://mydomain.com/?no_redirect=1';
РЕДАКТИРОВАТЬ Если вы пытаетесь определить, включен ли javascript, то для javascript лучше всего установить cookie, если он включен. Затем PHP может проверить этот файл cookie, и если он не найден, вы узнаете, что у javascript не было возможности установить его, поэтому его необходимо отключить (или пользователь изменил свои файлы cookie).
Взгляните на некоторые фрагменты кода для работы с куки в javascript и ознакомьтесь с документацией для работы с куки в PHP .