В блоге Coenraets у вас есть пара примеров, связанных с подключением мобильных flex-приложений к java-интерфейсу (как удаленное взаимодействие, так и обмен сообщениями).
Чтобы определить, был ли файл изменен, у вас может быть таймер в java, проверяющий это с заданным интервалом.При обнаружении любых изменений вы можете отправить сообщение в приложение Flex, используя службы обмена сообщениями BlazeDS.