Как уже указывалось, очень маловероятно, что это ошибка сборки. У меня был довольно сложный проект с похожей проблемой, и я смог отследить его, используя _set_purecall_handler и предоставив свой собственный обработчик. Таким образом я смог взломать отладчик, когда это произошло, и увидеть стек вызовов. Очевидно, что альтернативой здесь является создание минидампа, когда это происходит. Помните, что вам нужно подготовить все для минидампа до того, как программа обнаружит исключение.
Однако, есть также вероятность того, что это может быть вызвано повреждением кучи. В таком случае я бы ожидал множество симптомов, хотя. Вы описываете этот конкретный признак, поэтому, скорее всего, ваш код действительно виноват.
Проект, о котором я упоминал выше, был устаревшим проектом, который моделировал нечто похожее на COM, и действительно были места, где компилятор не мог найти все случаи чисто виртуальных функций, для которых не было реализации в производных классах.