Постарайтесь писать как можно больше с помощью POSIX. Mac и Linux изначально поддерживают POSIX, и в Windows есть система, которая может его запускать (насколько я знаю - я никогда не использовал его). Если ваше приложение графическое, Mac и Linux поддерживают библиотеки X11 (изначально Linux, Mac через X11.app), и существует множество способов заставить приложения X11 работать в Windows.
Однако, если вы ищете истинное многоплатформенное развертывание, вам, вероятно, следует переключиться на язык, такой как Java или Python, который способен запускать одну и ту же программу на нескольких системах практически без изменений.
Редактировать: я просто скачал приложение и посмотрел на файлы. Похоже, что он имеет двоичные файлы для всех 3 платформ в одном каталоге. Если вас беспокоит то, как писать приложения, которые можно перемещать с компьютера на компьютер без потери настроек, вам, вероятно, следует записать всю свою конфигурацию в файл в том же каталоге, что и исполняемый файл, и не трогать реестр Windows или создавать любые каталоги точек домашняя папка пользователя, который запускает программу на Linux или Mac. А что касается создания бинарного дистрибутива Linux, 32-разрядная версия POSIX / X11, вероятно, будет самым безопасным выбором. Я не уверен, что использует JungleDisk, так как я сейчас на Mac.