Внутри него; особенно если вся ваша работа в Eclipse. Управление репо за пределами Eclispe значительно повысит вероятность добавления файлов, которые вам не нужны, в ваше репо (ex war / WEB-INF / classes). Кроме того, управление из Eclipse означает, что другим разработчикам, естественно, будет проще синхронизировать репозиторий и настроить свою среду в Eclipse.
Полагаю, хорошим исключением из этого правила было бы, если бы вы поддерживали какую-то папку dev-environment (например, jdk used / eclipse install used / jars для сторонних библиотек, добавляемых в путь сборки / etc). Поэтому я думаю, что лучшее общее правило, которое следует соблюдать, это то, что если вы используете Eclipse для изменения файлов, вы также должны использовать Eclipse для управления файлом в вашем git-репо.
Кроме того, используйте EGit, если вы этого еще не сделали (я думаю, что другие упоминали об этом).