Как автоматически загрузить настройки в R на OSX? Как найти R_HOME, настроить Rprofile.site и т. Д.?

Question

У меня есть Macintosh, и я пытаюсь автоматически загружать пакеты, домашние функции и использовать измененные настройки при каждом запуске R. Я считаю, что это можно сделать с помощью файла Rprofile.site и путем создания функций.и .Последний в этом файле.

Одна проблема в том, что я понятия не имею, что такое мой каталог R_HOME, для чего он используется или существует ли он вообще.Я нашел две функции, которые, как мне показалось, обе дали мне свое местоположение, но я получаю разные результаты.

Вот первый

> Sys.getenv("R_home")
R_home 
    ""

И второй

> R.home()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources"

Насколько я могу судить, второй каталог даже не существует на моей машине.В настоящее время я запускаю R из моего каталога приложений.

Answer 1

За эти годы я стал полагаться на документацию help(Startup) как на лучшее место, чтобы прочитать об этом. Существует множество конфигурационных файлов для каждого пользователя и для каждого сайта, что обычно для многофункциональных приложений. Поначалу это может показаться излишним, но это действительно хорошая система. И как только вы ворчите Renviron против Renviron.site и dito для Rprofile, вы оцените согласованное поведение на разных платформах.

Answer 2

Майкл, я тоже нахожу эту тему немного запутанной.Я тоже на Mac.Я создал файл "Rprofile", в котором есть все мои настройки.Вот как работает мой (я не думаю, что в моей настройке есть что-то особенное):

1. «Rprofile» входит в / Users / michael
2. «Rprofile» имеетбыть составленным из команд, которые R будет понимать (например, вы можете его получить).
3. «Rprofile» должен называться .Rprofile. Начальный период означает, что файл скрыт от обычной операционной системы.Вы должны открыть окно терминала и выполнить команду> ls -la, чтобы увидеть его (при необходимости перейдите в этот каталог).Кроме того, вы увидите много других скрытых файлов.И, вероятно, его не будет, пока вы его не создадите, следующий шаг.
4. Я использую TextEdit для создания файла с именем R.txt и помещаю туда команды (начните с простого для целей тестирования).
5. Затем в окне терминала я набираю> cp R.txt .Rprofile, который копирует видимый R.txt в невидимый .Rprofile. Вы можете проверить, выполнив> ls -la, чтобы увидеть его в списке каталогов.
6. Перезапустите R и посмотрите, работает ли он.Например, если вы поместите библиотеку (ggplot2) в ваш файл R.txt, эта библиотека должна быть загружена при запуске.Если это не так, то команда из этой библиотеки не будет работать, например, qplot (x = 1:10, y = 1:10).Другие люди вводят такие команды, как cat («Мой .Rprofile работает! \ N), которые должны отображаться при запуске.

HTH Bryan

Answer 3

Если вы запустите getwd(), то увидите каталог запуска R.На Mac это обычно /User/login_name. Здесь я оставляю свой .RProfile, где я загружаю пользовательские функции, а также часто используемые пакеты.

Также см .: Полезные маленькие функции в R (положить в свой .RProfile) и пользователей Expert R, что находится в вашем .Rprofile?…