.classpath файл специфичен для IDE (RAD, а также Eclipse в целом).Это для установки записи classpath для компиляции и выполнения вашего проекта в вашей IDE.
MANIFEST.MF - это стандартный (независимый от IDE, который вы использовали во время разработки) способ указать путь к библиотекам, в которых jar требуется время выполнения.