Я думаю, что ваша установка Eclipse выполняется под Java JRE вместо Java JDK, поэтому jar инструментов не может быть найден.
M2Eclipse обычно предупреждает пользователя об этом факте при первом запуске.
Решение состоит в том, чтобы указать исполняемый файл jdk в файле eclipse.ini, как показано ниже.
add:
-vm
C:/Program Files (x86)/Java/jdk1.6.0_26/bin/javaw.exe
перед строкой, начинающейся с -vmargs