Поскольку IE9 нельзя использовать при работе сайтов в файловом режиме.Будет (уродливым) решением запустить локальный веб-сервер / службу на телефоне, который обращается к изолированному хранилищу?
Вы пробовали Постоянство пользовательских данных ?
Это работает в IE7 / IE8, но я не пробовал в IE9.