Каким должно быть отношение между сущностями Hibernate / JPA - компонентами поддержки и где я должен записывать и читать данные из БД в веб-проекте на основе компонентов icefaces?
У вас есть уровень персистентности (JPA / Hibernate) и уровень представления (icefaces), а также то, что вам здесь не хватает, сервисный уровень (или бизнес-уровень); Я думаю, что Spring Framework может заполнить этот слой.