Документация описывает, как перестроить все системные базы данных, включая главную; Вы используете программу установки, а не сценарий SQL. Но восстановление системных баз данных полностью воссоздает их, как если бы вы только что установили SQL Server, поэтому лучшим решением всегда будет резервное копирование системных баз данных .
(Я предполагаю, что вы используете SQL 2008, основываясь на ваших тегах; пожалуйста, всегда указывайте версию SQL Server, которая у вас есть.)