По данным сайта PHPDocumentor и их документации Возможен вывод HTML и XML. Затем вы можете импортировать XML, используя встроенные функции import MediaWiki, хотя сначала вы можете захотеть выполнить экспорт, чтобы посмотреть, каков формат XML. Они также упоминают, что использование XML для импорта больших объемов данных может привести к тайм-аутам и иметь альтернативу, которая позволяет создавать запросы SQL для вставки данных. Также вам, вероятно, понадобится расширение для MediaWiki для отображения кода (что-то вроде SyntaxHighlight GeSHi ).
Все это на самом деле не объясняет, как преобразовать вывод PHPDocumentor во что-то, что можно использовать с MediaWiki (то есть с использованием синтаксиса Wiki). Скорее всего, вы будете использовать скрипты для преобразования одного синтаксиса в другой. Похоже, создание собственного формата вывода с помощью PHPDocumentor - самый простой способ (хотя вывод в формате XML: DocBook может работать).