Это зависит от размера вашего приложения, от того, что делают ваши бизнес-объекты и как они зависят друг от друга.
Обычно бизнес-объекты размещаются в одной или нескольких папках / пакетах в зависимости от
- функциональность и
- их взаимозависимость
POJO обычно выполняют эту работу, особенно когда у вас есть Spring, чтобы позаботиться о транзакционности и других сквозных задачах
Я также видел проекты очень больших приложений, в которых уровень служб и DAO разделены на разные приложения для более слабой связи. Так что это действительно зависит от различных факторов, как вы выложите структуру приложения.