var w = ctx.canvas.width, h = ctx.canvas.height;
var id = ctx.getImageData(0,0,w,h);
var d = id.data;
for (var y=0;y<h;++y){
for (var x=0;x<w;++x){
var i=(y*w+x)*4;
var r=d[i],g=d[i+1],b=d[i+2],a=d[i+3];
}
}
Так же просто извлечь x / y из индекса при циклическом просмотре массива данных изображения или добавить смещения, если вы выбрали только часть пикселей холста.
for (var i=0,len=d.length;i<len;i+=4){
var x=i/4%w,y=(i/4-x)/w;
var r=d[i],g=d[i+1],b=d[i+2],a=d[i+3];
}