Существует целый ряд возможных отличий. Во-первых, Windows Mobile - это Windows CE (версия 5.0), поэтому принципиально нет никакой разницы.
Теперь, если вы сравниваете WinMo с устройством CE 6.0, будут некоторые различия в производительности ядра, но, вообще говоря, если у вас есть идентичное оборудование и идентичные драйверы поверх этого оборудования, вы будете иметь одинаковую производительность .
Вы дали нам немного информации о том, что именно плохо работает. Диск пишет? Видео рендеринг? Пропускная способность последовательного порта? Я мог бы подумать о сотне предметов, которые могут отличаться между двумя возможными платформами. Ключ в том, что вы должны сравнивать яблоки с яблоками. Например, если вы посмотрите на скорость рендеринга видео, используют ли оба устройства одинаковую глубину цвета и разрешение? Они оба используют один и тот же графический драйвер (раздельное аппаратное ускорение и сам процессор)? У них одна и та же мелодия? Такая же архитектура процессора? Та же частота процессора?
Дайте нам немного больше информации, и мы сможем сузить круг вопросов.