Я настоятельно рекомендую вам использовать компилятор NDK.
Обычно это делается написанием Android.mk в соответствии с инструкциями для NDK. Это не сложно. Самое простое, что можно сделать - это взять пример приложения hello-jni и просто внести необходимые изменения, например, подставив исходные файлы в его android.mk.
Вы можете остаться в Visual Studio, если вам это нравится в качестве среды редактирования, просто используя возможность привязать внешнюю команду к нажатию клавиши, чтобы запустить скрипт компоновки ndk. Много лет назад я выяснил, как переформатировать сообщения об ошибках GCC с помощью sed, во что-то, что VS может проанализировать, чтобы сделать их доступными для кликов, хотя вскоре я переместил разработку этого проекта в Linux.