Если вы готовы немного поработать, это можно сделать с помощью HSQLDB, особенно версии 1.8.1.x, которая меньше по размеру.
Проверьте org.hsqldb.lib.ResourceStreamProviderКласс и измените его, чтобы использовать потоки, которые вы предоставляете для имен файлов db.properties и db.script, когда выполняются вызовы его статического метода getResourceAsStream.
Довольно просто, особенно потому что db.script и db.свойства состоят из текста, который вы можете легко создать в остальной части вашей программы.