Когда вы говорите: «У каждого пользователя есть свой набор настроек», вы говорите о приложении, которым коллеги делятся через сеть, или о приложении на компьютере с общим доступом?
Лично я бы пошел маршрут файла настроек. Вы можете использовать реестр, но это делает меня подозрительным. В Windows были места (предполагается, что вы в Windows) для хранения пользовательских данных навсегда и один день, все, что вам нужно сделать, это написать в них. И если вы работаете в Vista, запись в реестр может быть невозможной, если только вы не хотите, чтобы UAC запрашивал ваших пользователей.
Если ваше приложение уже использует какой-либо SQL-интерфейс, используйте его. Создайте таблицу настроек или сумку с ключом / значением и сохраните ее там. Сериализуйте это в объект и наоборот, и вы получите версию 1 диспетчера настроек.
Проверьте ConfigurationManager и SpecialFolders , которые должны помочь вам начать работу.