Я не думаю, что вы можете напрямую вызывать управляемый бин из javascript со стандартным JSF2. Он не вписывается в обычный жизненный цикл и компонентную модель JSF.
Для этого вы можете использовать CDI и модуль удаленного шва. http://seamframework.org/Seam3/RemotingModule Он предоставляет компоненты CDI, к которым JSF2 может обращаться точно так же, как управляемые компоненты, в качестве конечных точек, которые вы можете вызывать из своего кода JavaScript.