На это нельзя ответить, не зная больше о вашей системе. Скорее всего, это не имеет ничего общего с кодировкой символов. Возможно, это проблема неправильного количества столбцов или заголовков столбцов.
Если это проблема с кодировкой символов, лучше всего ставить:
$new_str = mb_convert_encoding($str, 'Windows-1252', 'auto');
Также заканчивайте переводы строк \ r \ n, а не просто \ n.
Если это не сработает, вам нужно проверить документы по программному обеспечению.