Флэш-память USB должна разрешать намного больше коммитов в секунду, чем локальный жесткий диск. Если скорость передачи достаточно высока для вашего приложения, вы должны быть в порядке. Просто попробуйте.
Одно предостережение: USB-флешки, как и все флеш-память, поддерживают только определенное количество операций записи до того, как произойдет ухудшение и, в конечном итоге, сбой. Попробуйте оценить, сколько записей будет происходить в течение всего времени жизни вашего приложения на одной флешке.