Я знаю, что SQL CE поддерживает его, но, насколько я понимаю, .Net 3.5 CE может и не быть.
Мне интересно, можно ли использовать Entity Framework в Windows Mobile 6.1?
Нет, вы не можете использовать API Entity Framework из .NET Compact Framework, команда разработчиков не планирует эту реализацию.