проверьте ваш сгенерированный файл egg, если есть модуль a.b.
Если нет, попробуйте использовать find_packages для регистрации ваших модулей.
from setuptools import setup, find_packages
setup(
name='pypack',
version='0.1',
packages=find_packages(),
...
├── a.b-1.0-py2.7.egg
│ ├── a
│ ├── __init__.py
│ └── __init__.pyc
│ │ └── b
│ │ ├── __init__.py
│ │ └── __init__.pyc
│ └── EGG-INFO
│ └── ...
каждая папка должна иметь
__init__.py