Я не посмотрел на ссылку в вашем посте.Но я предполагаю, что вы используете Mutex для запуска только одного экземпляра приложения для загрузки, независимо от того, сколько раз вы пытаетесь запустить его.
Если это дочернее приложение, то вы можете иметь статический объект этого потомка и продолжать запускать тот же объект с помощью вызова ShowDialog (Winform).