С точки зрения производительности, это, вероятно, не будет иметь значения для сайта с небольшим трафиком. В вашем случае я бы выбрал SQL 2000 просто потому, что он, вероятно, лучше интегрируется с ASP.NET, чем MySQL.
Если бы вы сказали, что создаете сайт на PHP, я бы сказал, что вы должны использовать MySQL по той же причине - PHP очень хорошо интегрируется с MySQL.
Они обе являются великолепными базами данных, вопрос только в том, что работает лучше в вашей конкретной ситуации. Это будет SQL 2000 в вашем случае.