Включить выполняет раннюю загрузку всех зависимостей, но я не знаю, как применить ограничения к этой реализации.
Альтернативным способом будет формирование результатов, таких как:
var comments = db.Topics.Select(_x=>
new{
Topic = _x,
TopTwoChildTopics = _x.ChildTopics.Top(2)
});