Тип проекта хранится в файле проекта, а не в файле решения. Сделайте сравнение TFS (или просмотрите историю) файла проекта, чтобы увидеть, было ли это изменено.
Для файлов проекта C # расширение .csproj
Этот сайт говорит, что у "веб-приложений" есть .csproj или .vbproj, но у "проекта веб-сайта" не будет файла проекта (http://msdn.microsoft.com/en-us/library/dd547590.aspx). Если проект веб-приложения был удален и веб-сайт создан его место, может быть трудно отследить, когда произошли изменения.