Windows Mobile имеет ограниченную реализацию стандартной библиотеки. Вам придется использовать более полную версию. Я лично использую STLPort . Используя это, большая часть Boost будет работать нормально. У меня все еще есть проблемы с использованием некоторых библиотек, которые не только для заголовков.
Кроме того, библиотеку Thunk32, на которую вы указали, возможно, потребуется изменить для ARM. Используется ассемблерный код x86.
-PaulH