Чтобы получить доступ к элементам массива вместо того, чтобы что-то делать с самим массивом, вы используете квадратные скобки, например:
user[userIndex]
оттуда вы можете изменить элемент как этот
user[userIndex] = new User(id);
или получить доступ / изменить что-то о самом элементе, как этот
user[userIndex].accountID = whatever;
Кроме того, использование статического в setAccountID сбивает с толку. Статический метод не может ничего знать об accountID, потому что accountID является частью уникально созданного объекта, где статический метод принадлежит классу, а не какому-либо конкретному объекту. Если по какой-то причине он должен быть статическим, вам нужно изменить метод, чтобы он выглядел примерно так
static void setAccountID(User user[], int userIndex, int accountNum)
{
user[userIndex].accountID = accountNum;
}
но следующее будет намного лучше, так как вы все равно знаете пользователя внутри массива:
void setAccountID(int accountNum)
{
this.accountID = accountNum;
}
называется так:
user[userIndex].setAccountID(accountNum);