Мне нужно знать, запущено ли мое wpf-приложение из папки автозагрузки или щелкнув ссылку на рабочем столе для запуска exe-файла.Как я могу это сделать?
Ваше приложение не знает, откуда оно вызывается, только где оно выполняется (рабочая папка). ИМХО, ваш лучший вариант - передать параметр при запуске с ярлыка на рабочем столе.
Если ваш установщик добавляет ярлык в папку автозагрузки, вы можете включить аргумент командной строки (только для ярлыка запуска). Вы можете проверить этот аргумент.