Хорошо, я уже решил свою проблему здесь. чтобы другие знали, что я сделал;
вот мой код
// First, I create a new .bat file using fopen
$ourFileName = "C:\\FILE\\PATH\\TO\\sample.bat";
$ourFileHandle = fopen($ourFileName, 'w') or die("can't open file");
// Then write the content in it with your pdf2swf.exe syntax to convert from PDF to SWF
fwrite($ourFileHandle, '"C:\\Program Files\\SWFTools\\pdf2swf.exe" "C:\\FILE\\PATH\\TO\\sample.pdf" -o "C:\\FILE\\PATH\\TO\\sample.swf" -f -T 9 -t -s storeallcharacters');
// Close the handle
fclose($ourFileHandle);
// After all above executed successfully, we now run the newly created .bat file using PHP exec() function.
exec('"C:\\FILE\\PATH\\TO\\sample.bat"');
Я не знаю, есть ли другой способ сделать это, но это работает для меня
с использованием Windows Server 2003 с Apache 2 и PHP 5.2