Я взломал это.Я создаю файл с именем settings.xml в папке настроек и переименовываю его соответственно.
param($installPath, $toolsPath, $package, $project)
$rootnamespace = $project.Properties.Item("RootNamespace").Value
$path = [System.IO.Path]
$settings = $path::Combine($path::GetDirectoryName($project.FileName), "Settings\settings.xml")
$settingsfile = $project.ProjectItems.Item("Settings").ProjectItems.Item("settings.xml")
$settingsfile.Name = ($rootnamespace + 'Settings.xml')