Одним из преимуществ использования Entity Framework 4.0 является то, что он может обрабатывать данные из нескольких таблиц или, как в вашем случае, из нескольких баз данных. Вот одна статья с практическими рекомендациями . Существует некоторая кривая обучения, но такой подход нравится многим, и Microsoft, похоже, предана этому в будущем.
По сути, использование EF позволяет выполнять сопоставление данных в его модели, абстрагируя все соединения базы данных и таблицы от вас. Вы получаете бизнес-объекты с именами классов и свойств, которые вы можете понять и которые легче кодировать.